熒光染料，由于靈敏度高，操作方便，逐漸取代了放射性同位素作為檢測標記，其廣泛應(yīng)用于熒光**，熒光探針，細胞染色等。包括特異性的DNA染色，用于染色體分析、細胞周期、細胞凋亡等相關(guān)研究。另有很多核酸染料在多色染色系統(tǒng)中是非常有用的復(fù)染劑，可作為背景對照，標記細胞核使細胞內(nèi)結(jié)構(gòu)的空間關(guān)系一目了然。
**分析
熒光標記的單克隆抗體技術(shù)為流式細胞儀在研究細胞膜和細胞內(nèi)各種功能性抗原、腫瘤基因蛋白等領(lǐng)域擴展了無限的應(yīng)用空間。熒光探針可以通過蛋白質(zhì)交聯(lián)劑共價結(jié)合在單克隆抗體上。**熒光標記*常用的染料有異硫氰酸熒光素(fluorescein isothiocyanate, FITC)、藻紅蛋白（PE）以及AlexaFluor系列染料等。
核酸檢測
核酸染料DAPI可嵌入到DNA雙螺旋中核酸熒光染料對細胞核染色后定量測量細胞所發(fā)出的熒光強度，就可以確定細胞核中DNA、RNA的含量，并可以對細胞周期和細胞的增殖狀況進行分析。有多種熒光染料可以對細胞中的DNA或RNA染色，常用的DNA染料包括碘化丙啶(PI)、DAPI、Hoechst 33342等，RNA染料有噻唑橙、吖啶橙等。