Cy5熒光染料的材質(zhì)熒光又作“螢光”，是一種光致冷發(fā)光現(xiàn)象。當(dāng)某種常溫物質(zhì)經(jīng)某種波長的入射光（通常是紫外線或X射線）照射，吸收光能后進入激發(fā)態(tài)，并且立即退激發(fā)并發(fā)出出射光（通常波長比入射光的的波長長，在可見光波段）；而且一旦停止入射光，發(fā)光現(xiàn)象也隨之立即消失。具有這種性質(zhì)的出射光就被稱之為熒光。在日常生活中，人們通常廣義地把各種微弱的光亮都稱為熒光，而不去仔細追究和區(qū)分其發(fā)光原理。
光照射到某些原子時，光的能量使原子核周圍的一些電子由原來的軌道躍遷到了能量更高的軌道，即從基態(tài)躍遷到**激發(fā)單線態(tài)或**激發(fā)單線態(tài)等。**激發(fā)單線態(tài)或**激發(fā)單線態(tài)等是不穩(wěn)定的，所以會恢復(fù)基態(tài)，當(dāng)電子由**激發(fā)單線態(tài)恢復(fù)到基態(tài)時，能量會以光的形式釋放，所以產(chǎn)生熒光。
熒光是物質(zhì)吸收光照或者其他電磁輻射后發(fā)出的光。大多數(shù)情況下，發(fā)光波長比吸收波長較長，能量更低。但是，當(dāng)吸收強度較大時，可能發(fā)生雙光子吸收現(xiàn)象，導(dǎo)致輻射波長短于吸收波長的情況發(fā)生。當(dāng)輻射波長與吸收波長相等時，既是共振熒光。常見的例子是物質(zhì)吸收紫外光，發(fā)出可見波段熒光，我們生活中的熒光燈就是這個原理，涂覆在燈管的熒光粉吸收燈管中汞蒸氣發(fā)射的紫外光，而后由熒光粉發(fā)出可見光，實現(xiàn)人眼可見。
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