花青素用于多種生物學(xué)應(yīng)用，包括比較基因組雜交和基因芯片。 根據(jù)結(jié)構(gòu)，它們覆蓋可見光譜和紅外波長。 Cy 3，Cy5和Cy7是流行的花青染料，特別是Cy3和Cy5通常用于2種顏色檢測(cè)。Cy3染料發(fā)黃綠色（ex / em = ~550 / 570），而Cy5在紅色  ，區(qū)域發(fā)熒光（ex / em = ~650 / 670nm）。它們通常在氮側(cè)鏈中的一個(gè)或兩個(gè)上與反應(yīng)性基團(tuán)合成，使得它們可以與核酸或蛋白質(zhì)分子化學(xué)連接。這種非磺化花青不溶于水，主要用于標(biāo)記寡核苷酸，肽和其他小分子。Cy3NS具有與Quasar 570（Biosearch）相同的化學(xué)和光譜特性。

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