花青素用于多種生物學應用，包括比較基因組雜交和基因芯片。 根據結構，它們覆蓋可見光譜和紅外波長。Cy 3，Cy5和Cy7是流行的花青染料，特別是Cy3和Cy5通常用于2種顏色檢測。Cy3染料發(fā)黃綠色（ex / em = ~550 / 570），而Cy5在紅色  區(qū)域發(fā)熒光（ex / em = ~650 / 670nm）。它們通常在氮側鏈中的一個或兩個上與反應性基團合成，使得它們可以與核酸或蛋白質分子化學連接。 這種非磺化花青不溶于水，主要用于標記寡核苷酸，肽和其他小分子。Cy7染料已越來越多地用于體內成像。

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